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Moni1000 Data Overview モニ1000データ全体像

A methodological overview of Japan's national coral reef monitoring dataset—585 sites, 5 years, 70,000+ temperature records. This document provides the data structure, survey design, and analytical strategy for researchers and interested readers. 環境省モニタリングサイト1000サンゴ礁調査のデータ構造——585地点、5年間、7万件超の水温記録を俯瞰する。研究者にも一般の方にも、このデータセットで何ができるかが見えるように。

Japan's Coral Reef Monitoring Dataset 日本のサンゴ礁モニタリングデータ
585 Sites 調査地点
2,288 Bleaching Records 白化観測
~70K Temp Records 水温記録
44 Logger Sites ロガー地点

1. Data Overview 1. データ概要

Three interconnected datasets capturing coral health and environmental conditions across Japan's coral regions. サンゴの健康状態と環境条件を記録した、相互に連携する3つのデータセット。
Moni1000 Coral Reef Survey (2020-2024) ├── Site Master ────── 585 sites (26 regions) ├── Bleaching ──────── 2,288 records (annual visual survey) └── Temperature ────── 44 sites, 69,803 daily records モニ1000サンゴ礁調査（2020-2024年度） ├── 地点マスター ──── 585地点（26サイト） ├── 白化観測 ─────── 2,288件（年1回目視調査） └── 水温ロガー ───── 44地点、69,803日次レコード

Dataset Summary データセット概要

Datasetデータセット Recordsレコード数 Key Variables主要変数 Period期間
Site Master地点マスター 585 coordinates, site_name, region座標、サイト名、地域 —
Bleaching白化観測 2,288 cover, bleaching_rate, mortality被度、白化率、死滅率 2020-2024
Temperature水温 69,803 daily mean/min/max/range日平均/最低/最高/日較差 2019.09-2025.01

Technical Notes 技術情報

2. Study Area 2. 調査海域

Surveys span Japan's coral regions from temperate Tateyama (35°N) to subtropical Yaeyama (24°N). 暖温帯の館山（北緯35度）から亜熱帯の八重山（北緯24度）まで、日本のサンゴ分布域を網羅。
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Distribution of 585 survey sites across 26 regions. Color indicates regional grouping. 26サイト585地点の分布。色は地域区分を示す。

3. Sampling Design 3. 調査設計

Standardized annual surveys at fixed transects enable year-over-year comparisons. 固定トランセクトでの標準化された年次調査により、経年比較が可能。
[24 Sites] ↓ Multiple survey spots per site [585 Spots] ↓ Annual visual assessment at each spot [Annual Assessment] ├── Coral cover ├── Bleaching rate (all / Acropora) ├── Mortality (all / Acropora) ├── Recruitment counts └── Biological threats (COTS, Drupella) [26サイト] ↓ 各サイト内に複数の調査区 [585調査区] ↓ 各調査区で年1回目視調査 [年次評価項目] ├── サンゴ被度 ├── 白化率（全体 / ミドリイシ） ├── 死滅率（全体 / ミドリイシ） ├── 加入数 └── 生物的脅威（オニヒトデ、シロレイシガイダマシ）

Survey Variables 調査項目

Categoryカテゴリ Variables変数 Method方法
Coral Statusサンゴ状態 cover, bleaching_all, bleaching_acropora, mortality_all, mortality_acropora Visual estimation目視推定
Recruitment加入 mean_count, max_count Quadrat countsコドラート計数
Threats脅威 COTS_count, Drupella_grade, predation_rate Direct observation直接観察

4. Data Structure 4. データ構造

Sites branch into logger-equipped (validation) and non-logger (prediction) categories. 地点はロガーあり（検証用）となし（予測対象）に分岐する。
Data Structure Tree データ構造ツリー

Data structure showing the branching of 585 sites into validation (42 logger sites with complete 5-year data) and prediction categories. 585地点のデータ構造。42のロガー設置地点（5年完備）が検証・補正係数算出に使用され、残りは予測対象となる。

5. Temporal Coverage 5. 時間的カバレッジ

Most sites have complete 5-year records; some peripheral sites have gaps. 大半の地点で5年間の完全なデータあり。周縁部の一部に欠測。
Site サイト
2020
2021
2022
2023
2024
Data availableデータあり No dataデータなし Logger equippedロガーあり

21 of 26 sites have complete 5-year data coverage. Sites with partial coverage include remote islands (Kotakara, Daito, Tarama, Tanabe) and newly added sites (Iki-Tsushima). 26サイト中21サイトが5年間の完全なデータを持つ。部分的なカバレッジのサイトは離島（小宝島、大東、多良間、田辺）と新規追加サイト（壱岐対馬）。

6. Logger Network 6. 水温ロガー網

44 temperature loggers across 21 sites provide hourly in-situ measurements. 21サイト44地点の水温ロガーが1時間毎の現場水温を記録。
Region地域 Sitesサイト Loggersロガー数 Years年数
Mainland本州等 5 10 3-5
Kagoshima鹿児島 2 3 3-5
Okinawa Main沖縄本島 4 8 5
Miyako-Yaeyama宮古八重山 8 21 3-5
Remote Islands離島 2 2 5
Total 21 44 —

Notes特記事項

  • site01 spot005: Installed at two depths (-8m, -25m)site01 spot005: 2深度（-8m, -25m）で設置
  • site13-17: Missing 2021 data (COVID impact)site13-17: 2021年欠測（コロナ影響）
  • site20: Data only for 2022, 2024site20: 2022年、2024年のみ

7. Data Quality 7. データ品質

Raw data underwent quality control; some limitations remain. 品質管理済みだが、いくつかの制約あり。

Quality Control History 品質管理履歴

Issue問題 Solution対応 Status状態
°F/°C confusion (357 records)華氏/摂氏混同（357件） Unit conversion単位変換 ✓
Duplicate records (4)重複レコード（4件） Deduplication重複除去 ✓
Anomalous high temps (>40°C)異常高温（>40℃） Threshold filter閾値フィルタ ✓
Coordinate precision (site19,20)座標精度（site19,20） Minute-level only分単位で登録 △

Known Limitations 既知の制約

  1. Coordinate precision: site19 (Tateyama) and site20 (Iki-Tsushima) have coordinates at minute-level precision only座標精度: site19（館山）とsite20（壱岐対馬）は秒が非公開のため分単位精度
  2. Depth information: Most sites lack depth records (only site01 spot005 has two depths)深度情報: 大半は深度未記録（site01 spot005のみ2深度）
  3. Survey timing: Survey months vary by year (primarily summer-autumn)調査時期: 年度により調査月が異なる（主に夏〜秋）

8. Analytical Strategy 8. 分析戦略

Logger sites validate satellite data; corrections then apply to all 585 sites. ロガー地点で衛星データを検証し、補正を全585地点に適用する。
1 Extract satellite SST for 44 logger sites 44ロガー地点の衛星SST取得
↓
2 Compare with in-situ temperature, calculate correction factors 実測水温との照合・補正係数算出
↓
3 Apply corrected SST to all 585 sites 補正済みSSTを全地点に適用
↓
4 Regression: estimated DHW vs. bleaching rate 推定DHW vs 白化率の回帰分析
↓
5 Build bleaching prediction model 白化予測モデル構築

Related Analysis関連分析

9. Data Access 9. データアクセス

Original data from MOE; processed data available upon request. 元データは環境省提供。整形済みデータは問い合わせにて。

Data Sourceデータ出典

Ministry of the Environment, Monitoring Sites 1000 Coral Reef Survey (FY2020-2024)
Approval No.: Kanseitahatu No. 2601271 環境省モニタリングサイト1000サンゴ礁調査（2020〜2024年度）
承認番号: 環生多発第2601271号

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Related Resources 関連リソース

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